Сергей Моркотун родился 15 июля 1893 года в Санкт-Петербурге в семье доктора медицины Константина Моркотуна и его жены Лидии Орловской, дочери настоятеля Десятинной церкви в Киеве.

В 1911 году он закончил Петербургскую гимназию с золотой медалью, а затем продолжил учебу в Киевском Университете на историко-филологическом и юридическом факультетах.
По личной рекомендации знаменитого оккультиста-розенкрейцера Папюса, он был принят в Шотландскую ложу и появился вновь в Киеве в 1917 году, как руководитель ордена мартинистов, имея 18-й градус масонского посвящения и будучи кавалером ордена Розового Креста. Такой чести С. Моркотун был удостоен благодаря своему отцу, который был личным врачом царской семьи и помимо этого занимал высокое положение в петербургской масонерии. Получив назначение на должность начальника милиции Юго-Западной железной дороги, Сергей Моркотун основал тайную франкофильскую политическую организацию «Молодая Украина», в которую вскоре вступили Симон Петлюра и Павел Скоропадский. Тогда же он привлек к работе в движении известного масона поэта Максимилиана Волошина.
Прийдя к власти, в 1918 году Гетман Скоропадский назначил С. Моркотуна личным секретарем, так как был уже давно дружен с его отцом и обязан спасением собственной жизни его матери.

Сергей Константинович снискал себе репутацию искуссного дипломата, ездил в Берлин на переговоры с Кайзером Вильгельмом и, пользуясь масонскою властью, уговорил Гетмана выпустить арестованного С. Петлюру, а позднее, когда в Киев вошли войска Директории, запретил преследовать свергнутого Гетмана.
Почуствовав, что Петлюра претендует на масонское лидерство, С. Моркотун опубликовал открытое письмо, в котором обвинил того в узурпации должности «великого мастера», которая была нужна лишь для укрепления своей власти. Более того, он направил в Великую ложу Франции записку, в которой говорилось о преобладающем влиянии в Украине Германии и Ватикана – давних врагов французской масонерии.

В Париже, куда С. Моркотун отбыл в 1919 году, им был создал Украинский Национальный Комитет, издававший журнал «La Jeune Ukraine», от имени которого он участвовал в переговорах с генералом П. Врангелем в 1920 году.
Будучи секретарем Объединения славянских масонов, в мае 1922 года С. Моркотун снова отправился в Украину, где вел секретные переговоры с Председателем Совнаркома Х. Раковским, после которых некоторые представители эмиграции стали подозревать его в связях с ГПУ.

В 1923 году С. Моркотун создал Великую Национальую Ложу Румынии, которая подчинялась Великой Ложе Украины, собрав вокруг себя многих русских и украинских мартинистов-беженцев. Основанная же им ветвь Киевской Ложи «Святого Апостола Андрея» существовала в Париже вплоть до конца 1930-х годов.

В 1932 году С. Моркотун решил обьединить все оставшиеся подпольные ложи в СССР и для руководства направить туда поэта Юрия Терапиано, который срочно был посвящен в 33-й градус.

В 1939 году С. Моркотун переехал на Канарские острова, где занялся научным и литературным трудом. Перед своей кончиной, имея уже статус Царя-Гермеса, он определил своим преемником Ю. Терапиано и предоставил ему Хартию для управления мартинистами, а также дал разрешение Арману Туссену на учреждение брюссельской ложи «Рыцарей Христа».
Умер Сергей Константинович на своей вилле на Канарских островах 15 января 1971 года в окружении детей и внуков.